Meginmarkmið hrefnurannsóknanna sem hófust 2003 og nú standa yfir eru að afla grunnþekkingar á fæðuvistfræði hrefnu hér við land.
Auk rannsókna á fæðusamsetningu með greiningu magainnihalds verður aflað annarra gagna sem nauðsynleg eru til að meta afrán tegundarinnar á hinum ýmsu fæðutegundum. Þar má nefna rannsóknir á orkubúskap, árstíðabundnum breytingum í fjölda og útbreiðslu, og fæðuþörf. Þá verður unnið að þróun fjölstofnalíkans stofnunarinnar sem þegar tekur til þorsks, loðnu og rækju svo meta megi vistfræðilegt samspil hrefnu og þessara tegunda.

Auk þessa meginmarkmiðs hefur rannsóknin eftirfarandi markmið:

• Að kanna stofngerð hrefnu í Norður Atlantshafi með erfðafræðilegum aðferðum og gervitunglamerkingum.
• Að kanna sníkjudýr og heilsufar dýra í hrefnustofninum.
• Að safna upplýsingum um lífsögulega þætti s.s. aldur og viðkomu hrefnu hér við land.
• Að kanna magn lífrænna og ólífrænna mengunarefna í hinum ýmsu líffærum.
• Að meta gagnsemi ýmissa nýrra rannsóknaaðferða með samanburði við hinar hefðbundnari aðferðir.